La série animée est avant tout un outil marketing destiné à promouvoir les jeux de la marque Pokémon. Ainsi, au départ les épisodes, bien qu'éloignés sur certains points (par exemple, le fait que ce soit un Pikachu que choisit Sacha), le scénario a tendance à suivre celui du cycle ludique Rouge / Vert / Bleu. Il « s’autorise » cependant quelques écarts comme lorsque le héros de Pokémon Snap accompagne un certains temps les héros (ou les rangers Pokémon dans les saisons 9 et 10, dans les épisode avec Celebi, Deoxys et Riolu), ce qui permet d’étoffer le scénario.